南山区的小众打卡景点包括：
南山树屋：
由夏威夷树屋公司投资兴建，状若鸟巢，奇特别致，游客可以在此体验天籁般的自然环境。
生态沙坝：
位于南山佛教文化苑内，拥有世界罕见的海岸沙坝和原始状态的酸豆林，是一处不可多得的自然奇观。
小月湾：
位于南山寺与小月湾之间，是一条彩色旅游通道，依山傍海，原始古木巨石保护完好，是热带滨海风光的绝佳观赏地。
深圳湾公园：
拥有长达18km的海岸线，提供美丽的栈道和长廊，是观赏深圳湾大桥和日出的绝佳地点。
南头古城：
又称新安故城，历史悠久，是深圳历史的见证，拥有众多历史建筑和小店，适合摄影和历史探索。
荷兰花卉小镇：
按荷兰小镇风情打造的风情街，有欧洲复古大风车、浪漫鲜花花墙，晚上还有电影放映，非常适合拍照。
梅拉尼亚小镇：
新晋打卡圣地，夜景非常漂亮，是一个超梦幻的童话世界。
南山植物园：
位于汪山之上，内有众多名卉奇草，如杜鹃、四川茶花、桂花等，四季都有不同的花卉盛放。
重庆抗战遗址博物馆：
景区内有抗战时期遗留下来的别墅，如蒋介石的云岫别墅，宋美龄的松厅等，是了解重庆抗战历史的好去处。
涂山寺：
现存最古老的寺院，供有释迦牟尼像和真武祖师像，历史悠久，文化氛围浓厚。
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